В годы Великой Отечественной войны управлением дороги Москва-Харьков руководил Михаил Михайлович Гиндин. С 1943 года он носил на погонах капитанские звездочки, и только в мае 1948 года ему было присовено звание майора. В то трудное время Михаил Гиндин был настоящим Капитаном фронтовой магистрали.  В первые дни войны из отпусков отозваны все сотрудники. В связи с призывом в Красную Армию освободили от должности инженеров, механиков, шоферов. Их место заняли женщины, которым предстояло вынести все тяготы страшной войны. В связи с объявлением военного положения 24 июня был создан аварийно-восстановительный отряд (его возглавил Алексеев), все дороги и мосты взяты под особый контроль. 3 октября, когда фашисты уже ворвались в Орел, из города эвакуировался располагавшийся здесь 908-й дорожно-эксплуатационный участок. 17 октября 1941 года управление дороги переводится из Подольска в село Петровск на трассе Москва-Ярославль. Документы, которые невозможно вывезти в оперативном порядке, подлежали немедленному уничтожению. Туда же в Петровск, были эвакуированы дорожные мастерские из оккупированного фашистами Курска – 7 октября из города отправилась колонна из 10 автомашин с 25 сотрудниками и оборудованием. Эти станки и механизмы как нельзя кстати оказались в первую военную зиму - они стали основной производственной базой управления в эвакуации. В конце октября в Петровск был переведен 907-й дорожно-эксплуатационный участок из Тулы - на подступах к городу уже развернулись ожесточенные бои, затем  был эвакуирован участок из самого Подольска. А для  облсуживания и ремонта дороги Москва-Харьков на перегоне Москва- граница фронта осталась оперативная  группа управления, которая работала совместно с коллективом  Военной автомобильной дороги №11. Да и сама  дорога Москва-Харьков была передана из ведения НКВД в соответствующий главк Красной Армии, получила статус военной автомобильной  дороги и вошла в состав Центрального фронта.

Однако уже через два месяца, после контрнаступления Красной Армии под Москвой, начался обратный процесс. 30 декабря 1941 года начальник Мценского 911 ДЭУ М.Е. Левин получил приказ выехать к месту основной работы для организации «дистанционной службы на дороге Москва-Харьков». Еще через полтора месяца аппарат Управления вернулся в Подольск. Организация официально стала называться Управление дороги Москва- Харьков. В начале следующего, 1943 года в Курске началось восстановление дорожно-эксплуатационной службы 909 ДЭУ, затем Белгородского 910 ДЭУ, а в августе – Орловского 908 ДЭУ под управлением М.Е. Левина. Таким образом, коллектив Управления организовал работу по восстановлению разрушенного дорожного полотна и искусственных сооружений, по обеспечению бесперебойного автодвижения на освобождавшихся территориях. Вводились в эксплуатацию и новые объекты. Так, в феврале 1943 года состоялось торжественное открытие моста через реку Оку в районе Серпухова.  Военные дорожники в 1942 и 1943 гг. были удостоены благодарностей командующего Центральным фронтом. В конце  июля 1943 года были организованы занятия по повышению квалификации дорожных мастеров, бригадное обучение плотников, представителей других профессий.

 В марте 1944 года полностью освобожденная дорога была снова передана в ведение Главного управления шоссейных дорог НКВД СССР.  Для восстановления разрушенных во время войны автомобильных трасс с сентября 1945 года в СССР стало  прибывать из европейских стран трофейное имущество - для его оценки  в управлении была создана специальная комиссия. Тогда  же началось строительство нескольких лагерей для военнопленных с тем расчетом, что эта рабочая сила будет использоваться при восстановлении и реконструкции шоссе, на заготовке материалов.